Geschichtlich trat Hunzenschwil erstmals zur Römerzeit in Erscheinung und zwar nicht als Wohngebiet, sondern als Industriezone mit einer grossen Ziegelbrennerei.

Das Dorf Hunzenschwil hiess ursprünglich Hunziliswillare und ist eine alemannische Gründung. Es entstand ums Jahr 800 und war vermutlich eine Aussensiedlung von Suhr. Um die Jahrtausendwende hat sich das Dorf verselbständigt und eine eigene Dorfmarkung gebildet. Die erste schriftliche Erwähnung findet sich in einer Handschrift des Klosters Muri um etwa 1150.

Die Grafen von Lenzburg waren seit der Jahrtausendwende die Grund- und Kirchherren in Hunzenschwil und verfügten auch über die Zehnteneinkünfte. Sie beschenkten ein Dienstmannengeschlecht, das sich fortan "von Hunzliswile" nannte, mit einem Grossteil von Grund und Boden in Hunzenschwil und betrauten es mit grund- und gerichtsherrlichen Verwaltungsaufgaben im Dorf. Das Adelsgeschlecht starb jedoch bereits um 1300 aus. Nach der Mitte des 14. Jahrhunderts gelang es den Habsburgern, Twing und Bann wieder an sich zu ziehen.

Im späteren Mittelalter waren zunächst die Herren von Rynach, die Aarauer Familie Trüllerei und die Rupperswiler Familie Velsch die Hauptzinsherren; dann vermochte sich der bekannte Hans von Hallwil einen Grossteil der Einkünfte zu sichern. Der Zehnt wurde zwischen den Trüllerei (später der Stadt Aarau) und dem Stift Beromünster geteilt. Der habsburgische Landes- und zeitweilige Twingherr wurde 1415 durch Bern verdrängt.

Die Hunzenschwiler erhielten bereits im Winterhalbjahr 1618/19 eine eigene Schule, welche während einiger Jahrzehnte auch den Rupperswiler Kindern diente. Im Jahre 1766 baute die Gemeinde ihr erstes Schulhaus, das nach einigen Jahrzehnten zu klein wurde. 1816 erfolgte der dringende Ausbau des Hauses, welches nun zum schönsten Landschulhaus im Bezirk Lenzburg wurde.

Nach dem Zweiten Weltkrieg erwachte Hunzenschwil zu ungeahntem Leben und verzeichnete einen weit überdurchschnittlichen Aufschwung. Bis in die vierziger Jahre entwickelte sich die Bevölkerung wenig; sie war 1941 mit 802 Einwohnern nicht grösser als 100 Jahre zuvor. Nur zaghaft wagten sich einige Industriebetriebe ins Dorf. Nach 1945 erfolgte erst langsam, dann immer rascher der Umschwung. 1950 zählte man bereits 925 Einwohner, 1960 deren 1'312 und 1970 gar 1'902.

Die Landwirtschaft nimmt im heutigen Dorf nur noch einen bescheidenen Platz ein. Waren es 1939 noch 72 Betriebe, so existieren heute nur noch deren 3.

Es mag erstaunen, dass der Hunzenschwiler Wirtschaftsaufschwung erst nach dem Zweiten Weltkrieg einsetzte, ist doch die Verkehrslage ausserordentlich günstig an der Hauptverkehrsader Bern-Zürich, mit Abzweigungen ins Seetal, Richtung Luzern, nach Aarau und Brugg. Als Station an der alten Nationalbahnstrecke ist Hunzenschwil auch für den öffentlichen Verkehr gut erschlossen. Seit 1965 ist das Dorf über klassische Ein- und Ausfahrten direkt an die Autobahn A1 angeschlossen und seit einigen Jahren mittels Autostrasse an Aarau.

Seit 1960 verfügt die Gemeinde über eine eigene Kirche. Die Beziehung zur alten Kirchgemeinde Suhr besteht jedoch weiterhin. Das reformierte Gotteshaus gewährt den römisch-katholischen Mitbürgern Gastrecht, die der Kirchgemeinde Lenzburg angehören. Nebst den Landeskirchen sind mehrere religiöse Gemeinschaften mit eigenen Kirchen in Hunzenschwil tätig.